La CNA promueve y gestiona diversos proyectos de iniciativas de Buen Vivir, Agricultura Sostenible, Soberanía Alimentaria y mercados locales (andinos, amazónicos y costeros), que permiten desarrollar su misión junto a las organizaciones de base de las diferentes federaciones, que la integran en alianza con organizaciones agrarias, instituciones públicas y ONGs.
Federación Agraria Departamental Illatupa de Huánuco (FADITH)
Presidenta: Carolina Illatopa
Federación Agraria Departamental de Ayacucho (FADA)
Presidente: Oscar Mendoza Olano
Federación Agraria Departamental de Lima (FADEL)
Presidente: Fernando Cesar Degollar Sánchez
Federación Agraria Regional Arequipa (FARA)
Presidente: Nicolas De Bari Jara Yancapallo
Federación Agraria del Departamento de Puno (RUMIMAKI)
Presidenta: Flora Elena Ticona Choque
Federación Agraria Revolucionaria de Apurímac (FARA)
Presidente: Fredy Quispe Cruz
Federación Agraria Departamental de Ica (FADEICA)
Presidente: Bruno Sánchez Curi
Federación Agraria Revolucionaria Tupac Amaru del Cusco (FARTAC)
Presidente: Wilber Puelles Huamani
Federación Agraria Regional de Junín (FAREJ)
Presidente: German Huaynalaya Velazco
Federación Agraria de Lambayeque (FAL)
Presidente: Mario Moreno Garcia
Federación Agraria Departamental de Ancash Atusparia Uchcu Pedro (FADA)
Presidente: Efraín Rodríguez Rivera
Federación Agraria Selva Maestra Region San Martin (FASMA)
Presidente: Vicente Emilio Manrique Tafur
Federación Agraria del Nor Oriente Peruano (FANORP)
Presidente : Segundo Secundino Alarcón Diaz
Federación Agraria Regional de Loreto Juan Velasco Alvarado (FARL-JVA)
Presidente: Alberto Angulo Mondragón
Federación Regional Agraria de Piura (FRADEP)
Presidente: Pedro Segundo Coveñas Chávez
Federación Regional Agraria de Tumbes (FRADET)
Presidente: Francisco Barreto Silva
Federación Agraria y Ambiental de Moquegua (FACAREMOQ)
Presidente: Lucio Julian Flores Toledo
Federación Agraria Revolucionaria Región Ucayali (FARRU)
Presidente: Alex Huanca Correa
Federación Agraria Departamental de Madre de Dios (FADEMAD)
Presidente: Rafael Condo Huillca
Federación Agraria Regional de Cajamarca (FARECAJ)
Presidente: Josifredo Suyon Sandoval
Federación Agraria Regional de La Libertad (FALIB)
Presidenta: Rosa Moncada Ramírez