La Confederación Nacional Agraria (CNA) nace en el contexto de la Reforma Agraria realizada por el entonces presidente Juan Velasco Alvarado. Así pues, la CNA se fundó el 3 de octubre de 1974 en el Congreso de la República. La misión de esta nueva organización era agremiar a los hombres y mujeres indígenas que trabajaban en el campo para que participen activamente en la política agraria nacional.
Posteriormente, en el gobierno de Morales Bermúdez se desmontan las reformas de Velasco. Frente a ello el pueblo se movilizó y organizó paros nacionales en 1977 y 1979; en estas protestas la CNA participó activamente. En respuesta, el General Morales Bermúdez despojó a este gremio agrario de sus locales y persiguió a sus dirigentes. Las bases salieron en defensa de la CNA y, con la finalidad de reconstruirla se reunieron en su II Congreso en octubre de 1979.
Ya en la década de los años ochenta, la CNA centró su gestión en la defensa de la Reforma Agraria. En 1981 convocó a una movilización campesina y al siguiente año, realizó el Primer Paro Nacional Agrario con el objetivo de exigir la renuncia del gabinete ministerial y lograr un cambio de la política agraria; estas cuestiones se lograron. Aunado a ello, el surgimiento de los grupos subversivos trajo consigo años dolorosos de violencia para los dirigentes de la CNA porque sufrieron la persecución del gobierno y las acciones sanguinarias de Sendero Luminoso. De este tiempo datan muertes de nombres ilustres como: Jesús Oropeza, dirigente de la CNA, Toribia Flores de Cutida de Cusco, Juan Taipe de Huancavelica, Juan Alvarado de Huarmey y Juan Matell de Chillón.
En la década de los años noventa, la dictadura implantada por Alberto Fujimori llevo a cabo una serie de disposiciones legales con el fin de quebrar y liquidar a la organización y sus bases. Así surgieron leyes como la titulación individual de las tierras de las comunidades campesinas de la costa y de la sierra; la ley de tierras; la ley de privatización del agua, entre otras.
Después de todos estos años, los principios que guían el trabajo de la CNA siguen siendo la lucha por una sociedad democrática, equitativa y solidaria que reconozca y respete al campesino peruano y las comunidades indígenas a las que pertenecen; que respete los derechos y la dignidad de la persona; y que fortalezca actitudes humanas ante un mundo que se deshumaniza cada vez más.